Le CESR est organisé sur une base pluridisciplinaire qui lui permet d’être structuré autour de sept domaines de recherche : « Histoire », « Histoire de l’Art », « Histoire des Sciences », « Littératures française et anciennes », « Littératures européennes », « Musicologie » et « Philosophie ».
Le CESR propose 3 programmes de recherche et cinq thématiques fondamentales. Les programmes sont déployés autour du livre ancien et de la littérature (Bibliothèques Virtuelles Humanistes), des sources de musique des XIVe, XVe et XVIe siècles (Ricercar) et de la musique baroque (intégration en 2013 de l'équipe recherche du Centre de Musique Baroque de Versailles à l'UMR CESR).
Certains axes programmes et projets de recherche du CESR font l'objet de sites internet.
Schéma du contrat 2024